Minería del Coral. Algunos países ingenuamente permiten la remoción del coral para el relleno o construcción de las mismas instalaciones turísticas que van a alojar a las personas que vienen a ver los arrecifes.

Daños por anclas. Uno de los aspectos más destructivos del turismo. Para llegar al arrecife en muchas áreas, los guias de buceo a pulmón o SCUBA utilizan botes para alcanzar los sitios mas favorables en los arrecifes de coral. Una vez están en estos sitios, frecuentemente dejan caer sus anclas sobre el coral o lrchos de pastos marinos para mantener los botes en su sitio. Las anclas en el coral causan rompimientos localizados, resquebrajamiento de las colonias donde la línea las frota y desprendimiento de las raíces del pasto marino donde ocurre el arrastre.

Pisadas y Rupturas por Visitas no controladas. Los visitantes, toman y tocan el coral o se ponen de pie sobre los corales para ajustar sus caretas empañadas o extraen pedazos para llevárselos a casa como recuerdo. Uno de las mejores formas de controlar el comportamiento de los turistas en el arrecife de coral es entrenando a los guías turísticos locales sobre cómo funciona el arrecife, su extrema fragilidad y la gran importancia de informar o enterar a los turistas antes de partir en un viaje por el arrecife

Sobrexplotación de Peces para Comercio. La sobrepesca es la extracción de un número mayor de peces del que la población alcanza a reemplazar.

La remoción de gran numero de peces e invertebrados de los arrecifes - especialmente las especies que consumen algas - promueve el crecimiento de las algas sobre los arrecifes de coral, las cuales tapan los corales produciendoles eventualmente la muete. Peces loro, cirujanos y damiselas son herbívoros importantes en el Caribe.

Éstos incluyen el uso de venenos, explosivos y artes de pesca móviles como las redes de arrastre.

Venenos. Se emplean para extraer peces o crustáceos en los lugares donde se ocultan y capturarlos fácilmente o para aturdirlos o matarlos para ser luego recogidos sin mucho esfuerzo. Por ejemplo, para extraer las langostas espinosas de las grietas en el arrecife, a veces se les aplica un poco de blanqueador. El uso de venenos puede crear problemas. Muchas otras especies de peces e invertebrados además de los que van a ser capturados, mueren o quedan desvalidos durante el proceso. Los mismos corales, incapaces de escapar, pueden morir en parches; lo que significa la pérdida de hábitat.

Explosivos. El empleo de explosivos en los arrecifes es perjudicial. No sólo mata la carnada para los peces, sino también puede romper los corales y dar muerte a otro tipo de vida marina. Cuando los corales son rotos en pedazos, los peces no tiene ningún lugar para ocultarse, su suministro de alimento se reduce, y las áreas de desove pueden ser destruidas. El uso de explosivos para pesca es ilegal en la mayoría de los países.