Sedimentación: Los corales no toleran altos niveles de sedimentos. La turbidez reduce la intensidad de la luz y utilización de la energía solar disponible. Los arrecifes alcanzan su mayor desarrollo en aguas transparentes.

Agua Oscura o Turbia. Cuando el suelo se lava o se erosiona desde las granjas, las áreas con árboles o sin vegetación, o los sitios de construcción, y llega hasta el mar entonces el agua se pone oscura o turbia. La erosión del suelo debe prevenirse porque daña los corales.

El dragado es utilizado para hacer canales más profundos para los botes o para proporcionar tierra para el relleno. El dragado libera los sedimentos en la columna de agua, haciéndola turbia. El agua turbia y los sedimentos pueden flotar hacia los arrecifes de coral.

Salinidad: La salinidad es la medida de cuanta sal hay en el agua.

Los corales son raros o están ausentes cerca de las bocas de los río porque el agua es demasiado dulce. Las escorrentias de las áreas pavimentadas o descargas de cañerías pueden blanquear y matar a los corales.

Temperatura: A los arrecifes de coral les gusta en general el agua tibia. La mayoría de los arrecifes de coral se encuentran entre 26º y 28º C .

El calentamiento global ya está amenazando a los corales. Donde las temperaturas de la estación cálida suben mas de 1º C sobre lo normal, entonces es probable que ocurra blanqueamiento en los corales, por lo tanto se produzca muerte en los corales.