Según el Plan Estratégico de la Facultad de Ciencias Naturales, las líneas de investigación que impactan este programa son Bioseguridad, Ingeniería de procesos y sistemas, Biología aplicada, Sostenibilidad e impacto ambiental, Biodiversidad y bioconservación, Robótica e informática y Fundamentos y didáctica de las ciencias, bajo tres áreas de investigación Conservación y aprovechamiento sostenible, Medio ambiente y desarrollo e Inocuidad y calidad alimenticia.
El nuevo programa de ingeniería química cuenta con el grupo de investigación de Eco energías Limpias y Sostenibles (ECOENERGY) cuyas áreas de investigación sonla producción de bioetanol a partir de materiales lignocelulósicos y la producción de biodisel a partir de aceites vegetales y catálisis heterogénea. Además se apoya en la línea de investigación denominada "Operaciones de transferencia” del programa de ingeniería de alimentos dirigida por el grupo de Aprovechamiento de Recursos Agroalimentarios.
Actualmente se están desarrollando algunos proyectos de investigación que se plantearon desde ingeniería de alimentos y que apoyarán la investigación en ingeniería química:
- Aplicación de tecnologías para el aprovechamiento integral de las fracciones celulósica y hemicelulósica de la cascarilla de arroz, financiado por el Ministerio de Agricultura, la UJTL y la ANDI-Cámara Induarroz.
- Desarrollo de una propuesta tecnológica para el pretratamiento de los residuos lignocelulósicos de palma de aceite, previo a la hidrólisis enzimática para la obtención de azúcares fermentables, financiado por la UJTL.
- Hidrólisis de residuos lignocelulósicos de aceite de palma para la producción de azúcares fermentables, financiado por Colciencias, la Universidad Nacional de Colombia y la UJTL.
- Estabilización y usos potenciales del salvado de arroz colombiano, conservando sus propiedades. Financiado Ministerio de Agricultura, la UJTL y la ANDI-Cámara Induarroz.
- Obtención de catalizadores ácidos para conversión de pentosas, financiado por la UJTL.
Grupos de estudio:
Los grupos de estudio en el programa de ingeniería química están conformados por estudiantes que se vinculan a los proyectos de investigación de los profesores de tiempo completo adscritos a este programa, ya sea como pasantes dentro de la asignatura electiva “Práctica Empresarial” del plan de estudios o como tesistas para adelantar su trabajo de grado. Las condiciones para pertenecer a cada grupo de estudio los establece la persona coordinadora (investigador principal) del proyecto de investigación y los lugares de reunión son los laboratorios donde se desarrollan dichas investigaciones.