En este trabajo se presentan los resultados del estudio de la comunidad fitoplanctónica del lago Boa, un lago de meandro de aguas claras ubicado en la cuenca media del río Caquetá, Amazonia colombiana. Se realizaron siete visitas, desde mayo de 1999 a mayo de 2000, que abarcaron los distintos momentos del ciclo hidrológico de la región (aguas altas, en descenso, aguas bajas y en ascenso). Los resultados físicos y químicos mostraron que se trata de un ambiente desmineralizado, transparente, ácido, con abundante materia orgánica, que fluctúa desde condiciones oligotróficas (en aguas altas) hasta eutróficas (en aguas bajas) y muy dinámico debido a los fuertes cambios hidrológicos. En este ambiente variable se desarrolla una comunidad fitoplanctónica igualmente dinámica, que sufre ostensibles cambios en abundancia y dominancia de las especies de algas; estas fluctuaciones son más fuertes en términos estacionales que en sentido vertical dentro de la columna de agua. Otras comunidades limnéticas, como el bacterioplancton, los protozoos nanoplanctónicos y el zooplancton, mostraron cambios semejantes en sus abundancias, con cierto grado de acoplamiento con las variaciones del fitoplancton.