En concordancia con el propósito de la Universidad, se creó en el año 2006 la Facultad de Ciencias Naturales, con el fin de agrupar y coordinar las actividades de programas académicos de pregrado y posgrado propios o afines a las ciencias naturales. Posteriormente, considerando el papel fundamental de las ciencias aplicadas en el desarrollo tecnológico del país, en particular en los temas relacionados con diseño, producción, distribución y consumo de bienes y servicios, esta se transformó en una Facultad de Ciencias Naturales e Ingeniería, en la que la ciencia básica y la ciencia aplicada se conjugan y se desarrollan de manera sistémica. La Facultad se orienta por la sinergia y la organización de tres ejes temáticos: las ciencias básicas (matemáticas, estadística, química, física); las ciencias biológicas y ambientales, y las ciencias aplicadas (ciencias de la computación e ingeniería).